随着硬件(camera的分辨率、帧频等)、方法(计算机视觉、深度学习等相关理论)的不断发展,动物行为学从原有繁重的手工测量分析过程,逐步演变为接近自动化的水平,这里说是接近,是因为单靠一种或几种算法,无法完美地解决实验方法自动化问题,特别是在数据挖掘过程中,还需要大量的人工工作。今天我们一块看下动物精细行为分析的硬件设计。
一、总体思路
为了更好的观察老鼠步行过程,通常让老鼠在高透白光玻璃上行走,在玻璃下面放置相机,使得相机垂直向上拍摄。但是通过对步行视频数据观察,可以发现,老鼠脚掌粉红色肉垫和躯干白色或黑色毛发颜色对比度较差,再加上环境光照的影响。如果直接分析算法设计的难度会很大,这主要是老鼠脚掌区域分割算法的稳定性难以保障。特别是在分析老鼠脚掌在着玻璃和离开玻璃过程,和玻璃接面积是一个动态变化过程,分割算法难度会更大。再加上老鼠行走过程中在玻璃上尿渍、粪便等污迹,使得分析的难度更大。
二、高帧频相机
为了降低算法设计难度,先数据获取源头,即硬件设计上入手。考虑到正常老鼠步行频率较高(约100步/分钟),相机采用千兆网高帧频相机,帧率优于100fps,分辨率优于1k*1k等。这里选用彩色相机主要是为了后续分割步迹需要。在上述平板玻璃 底端相机模式的基础上,采用全反射原理,实现增强步迹。
三、具体做法
将跑台玻璃水平放置,在放置玻璃的长度方向的其中一个侧边放置绿色LED灯条,使得绿色光水平充满玻璃内部,这时候在跑台玻璃下方观察,用手指在跑台玻璃上面按压时候,在手指指肚接触处会形成绿色光团(这就是全反射原理的应用)。通过这样的硬件设计,可以将原有老鼠粉红色指肚提取的难度大大降低。
为了进一步提升视觉效果,动物精细行为分析硬件设计利用大逆光原理,在老鼠跑台上方,加装红色灯箱,这时候,在视频上,老鼠躯干为黑色,背景区域为红色,而老鼠爪子接触跑台玻璃区域为绿色。从人因视觉感知理论,绿色在黑色下的对比度,这样可以进一步增强老鼠步迹。